大学共同体的建构中充满了矛盾冲突，在某种意义上，大学共同体是大学组织运营及治理的理想，甚至有的大学在基本职责、基本任务、基本目标的达成上都缺乏必要基础。
因此，大学有效治理的根本在于促成并扩大各主体间在利益与价值上的共识，在此基础上建立起共同认可的制度体系。但从现实来看，恰恰是大学利益相关主体在利益、价值、参与方式等各方面难以达成共识，导致大学的内部冲突难以调和，无法成为生态化的共同体，从而也就无法实现大学的理想。
（一）教师与学生“分道扬镳”
大学首先是一个师生共同体，在大学的滥觞及其发展早期，大学作为一个教育机构，师生双方不仅是教与学的两个主体，还是大学的管理者，简言之，师生是大学最初的缔造者。即便是今天大学的角色、职能和利益相关者走向了多元化，教育功能仍作为大学存在的合法性根基，教育教学是大学办学中毋庸置疑的中心工作，师生双方是大学的核心利益相关主体。这也就意味着，师生双方的共同存在及其以知识和德性为媒介的有效交往，构成了大学意义的重要来源。师生交往作为一种理性的专业活动，遵循教学规律和学校的教学管理制度，最终实现特定的组织目标。在较长一段历史时期内，教师在知识占有上拥有权威地位，是课堂与教学的绝对支配者，学生则是教师的追随者，对教师有着天然的信任，这决定了师生之间建立起了稳定的合作关系。
但在民主化进程中，学生的权利意识不断觉醒，而课程与教学观的革新尤其是在建构主义、后现代主义思潮的解放下，学生中心主义逐渐成为普遍的大学文化，学生开始谋求建构课程和参与教学改革的主动权，这就动摇了师生关系的稳定基础。在这个过程中，知识的民主化越来越成为一个趋势，而在知识生产与传播模式借助技术力量而发生重大变化，知识与教师作为知识权威被不断祛魅的条件下，教师与学生间的稳定合作关系被进一步打破。而更为根本的是，在人力资本理论风靡的时代，大学教学不再是为了知识本身，而是在教育经济学逻辑支配下成为资本生产过程的一个环节、成为商品需求者与商品提供者的一个交换行为，知识在经济学意义上的收益性、有用性成为决定师生关系的重要标准，理智意义或本源意义上的知识以及情感因素已经难以维系师生协作的基础，师生之间的矛盾关系进一步凸显。而大学内部行政力量的介入，更加强化了师生双方的矛盾关系。申言之，无论是由于权力本身的控制本性，还是基于绩效管理及问责的驱动，大学管理者通过学生的课程选择、教学评价等实施教师管理，这使得师生间的矛盾关系显性化为双方间的利益博弈，双方已经失去了相互信任和有效合作的原有基础，“相互取悦与关照”的“分数膨胀”表明了有效教学的失败，也标志着一个专业共同体的幻灭。教师和学生是大学里的最主要群体，教学是大学作为一个具有独特价值的社会组织的核心使命，师生之间作为专业共同体关系的消解意味着大学作为整体的共同体受到严重的冲击。（二）基层组织间“壁垒丛生”从大学师生共同体的分解来看，利益上的不同诉求是双方分道扬镳的根本原因，师生双方由基于共同知识追求而彼此成就的利益共同体分解为教师和学生两个不同的利益群体，利益博弈打破了利益的一体化，利益的粘合作用因之式微。如前所述，大学行政权力的介入在客观上强化了师生之间的利益分歧。而从大学行政权力的实施来看，通过利益分配来激励包括师生在内的各主体的生产积极性，或者以此推进管理者意志的贯彻执行，是大学管理者行使行政权力的重要方式。进一步来说，管理者应用资源分配权、绩效评价权及规则制定权等，引导各主体进行各种资源和机会的竞争，而由于资源与机会的相对稀缺性，各主体间的竞争异常激烈。各主体在高竞争性的利益追逐过程中，产生了零和式的博弈关系，而这又不断强化着各主体间的利益分化。
大学是一个典型的“松散联合体”，各基层学术组织、学科、团队及平台等既是相互结合的，以共同成为一所大学，但同时又因为知识的分化，彼此间有着不同的知识生产方式和组织建设方式等，具有相互的独立性，整体上则产生了松散性甚至离散性。松散结合是大学组织的典型特征，这使得各学科或基层组织能够各按其独特的知识活动规律进行知识生产并实施自主管理，同时也确保各组织之间进行必要的合作，在推动知识创新的同时促成大学统一目标的达成。然而，在功利化管理模式下，利益上的分歧和不断强化，导致这种离散性更加突出，超越了可以结合的边界。但知识发展总是在分化中走向融合，要求各组织之间进行必要的融合，但利益上的差异使得这种融合遭遇本位思维、自利思维和以利益驱动为基础的制度障碍，变得十分困难，甚至出现各种壁垒，大学组织的整体性和有机性受到损害，松散有余而结合不足，因之丧失了应有的学科集聚优势、协同育人优势等。这在空前强调跨学科、融合学科、交叉学科以及超学科的时代，院系、学科及其他学术组织之间的隔阂状态显然无法适应学科发展和知识创新的需要。另外一个值得